Hoewel er mensen zijn die denken dat de Spaanse Waterhond een relatief nieuw ras is, kan men in feite de geschiedenis van het ras over honderden jaren terugvinden, zeker zo ver terug als de Middeleeuwen en zelfs tot in de Romeinse tijd.
Er zijn verschillende theorieën over zijn oorsprong, maar de meest geaccepteerde is dat het ras werd ingevoerd door de Turken, die ze bij de schapen verhandelden en ze gebruikten als herdershonden. In Spanje noemt men hem vaak wel de Andalusische Turk. Er wordt aangenomen dat er sterke genetische banden zijn met de Franse Barbet, Spaniels, de Poedel, de Portugese Waterhond en dat de Spaanse Waterhond een voorouder is van de Ierse Water Spaniel.
Tot voor kort werd de Perro de Agua Español in relatieve afzondering gehouden op het platteland van Spanje, ver weg van kruisingen en het kruisen met andere honden. Het ras werd ontwikkeld in drie afzonderlijke gebieden in Spanje. De honden werden gebruikt voor verschillende taken en werkten daar waar een hond nodig was.
Ze werden gebruikt als herdershonden om de kudden schapen of geiten van de ene weide naar de andere te brengen. Ze hielpen vissers in hun boten en konden materiaal en verdwaalde vis die uit de netten was ontsnapt ophalen uit het water. Ook droegen ze de sleepkabel aan de wal om de boot aan land te kunnen trekken en bewaakten de vangst als het eenmaal aan land was gebracht. Deze honden konden ook mee op jacht worden genomen en worden gebruikt als retrievers, vooral in het water. Het ras is vooral bekend om zijn vermogen om onder water duiken en blijft dan gerust een tijdje diep onder water en duikt wel tot zes meter diepte.
De erkenning van het ras
In 1975, reisden twee liefhebbers, Antonio Garcia Perez en Santiago Montesinos rond over het platteland van Zuid-Spanje, door de afgelegen dorpen en boerderijen van de bergachtige regio Andalusië en kochten of leenden een aantal honden van het type waar zij naar op zoek waren om een fokprogramma op te starten.
In 1980 werd het Perro de Agua Español Club (Spanje) opgericht om het ras te bevorderen en te helpen bij het verkrijgen van erkenning in het eigen land.
In 1985, na veel en hard werken en het tonen en showen van het ras op verschillende locaties in Spanje werd het ras door de Spaanse Kennel Club aanvaard en kreeg het een officiële status.